Hierdoor werd Mechelen tijdelijk de hoofdplaats van de Nederlanden. Ze zou er ook haar laatste adem uitblazen in 1530 maar haar stoffelijk overschot bleef niet in Mechelen. Ze ligt begraven in Brou, een voorstad van het Franse Bourg-en-Bresse bij haar tweede echtgenoot Philibert van Savoye. Daar liet ze een kerk oprichten na diens dood. Ze kreeg op de Grote Markt als eerbetoon voor wat ze voor Mechelen deed een standbeeld. Sinds de heraanleg van de Grote Markt verhuisde het beeld op een plekje voor de St-Romboutskathedraal.
Margaretha kende wel heel weinig geluk in haar liefdesleven. Een eerste keer probeerde men haar uit te huwelijken op … tweejarige leeftijd. Karel VIII, elf jaar ouder (!) was de gelukkige maar toen Margaretha ook de gezegende leeftijd van elf bereikte, koos haar geliefde voor een andere vrouw. Of de echtgenoten stierven kort na het huwelijk (Johan van Castilië en daarna Philibert van Savoye). Zij was amper 24 en verkoos om als zwarte weduwe te blijven doorgaan met het leven. Ze nam dan maar de taak op zich als voogd om de in Gent geboren keizer Karel en zijn zussen op te voeden toen haar broer Filips de Schone overleed. Naar verluidt zou ze met zin voor tact en een klare kijk op de gebeurtenissen het bestuur over de Lage Landen hebben waargenomen ook toen haar neef Karel inmiddels tot keizer was gekroond (1519). Een van haar belangrijkste wapenfeiten was de ‘Damesvrede van Kamerrijk’, toen vrede werd gesloten met het Franse koninkrijk.
Bovendien was ze erg kunstminnend. Ze hield veel van polyfone muziek. Het koorboek dat ze gebruikte, wordt in het Mechelse stadsarchief bewaard. Omdat kunstenaars en filosofen met naam geregeld haar kwamen bezoeken op het paleis betekende dit een belangrijke boost voor de kunst en wetenschap in die periode.
Over het paleis kunnen we zeggen dat het tussen 1616 en 1796 werd ingenomen door de Grote Raad, het toenmalige hoogste rechtscollege van de Zuidelijke Nederlanden. In het paleis is vandaag het gerechtshof gevestigd. Naast het beeld van vrouwe Justitia is ook het wapenschild te bemerken van keizer Karel en vanzelfsprekend het wapenschild van Margaretha zelf. De tuin is heel charmant te noemen. Je kan die dagelijks bezoeken tussen 7u30 en 18u00. Tijdens het weekend en feestdagen van 9.00 u tot 20.00 u.